Στο Τμήμα λειτουργούν τα εξής Εργαστήρια:

 Εργαστήριο Φυσικής Γεωγραφίας

 Εργαστήριο Ορυκτολογίας- Πετρολογίας

 Εργαστήριο Ιστορικής Γεωλογίας και Βιογεωεπιστημών

 Εργαστήριο Κλιματολογίας και Ατμοσφαιρικού Περιβάλλοντος

 Εργαστήριο Σεισμολογίας

 Εργαστήριο Γεωφυσικής

 Εργαστήριο Οικονομικής Γεωλογίας - Γεωχημείας

 Εργαστήριο Τεκτονικής - Γεωλογικών Χαρτογραφήσεων

 Εργαστήριο Τηλεανίχνευσης

 Εργαστήριο Μελέτης και Διαχείρισης Φυσικών Καταστροφών

 Εργαστήριο Μουσειακών Ερευνών