Στο Τμήμα λειτουργούν τα εξής Εργαστήρια:

Εργαστήριο Ορυκτολογίας και Πετρολογίας

Εργαστήριο Ιστορικής Γεωλογίας και Βιογεωεπιστημών

Εργαστήριο της Φυσικής Γεωγραφίας

Εργαστήριο Κλιματολογίας και Ατμοσφαιρικού Περιβάλλοντος

Εργαστήριο Σεισμολογίας

Εργαστήριο Γεωφυσικής

Εργαστήριο Οικονομικής Γεωλογίας-Γεωχημείας

Εργαστήριο Τεκτονικής και Γεωλογικής Χαρτογράφησης

Εργαστήριο Τηλεανίχνευσης

Εργαστήριο Πρόληψης και Διαχείρισης Φυσικών Καταστροφών

Εργαστήριο & Κέντρο Μουσειακών Ερευνών 

Εργαστήριο Διδακτικής των Γεωεπιστημών